Последовательность ДНК определяет организацию трехмерного генома, но современная методологические не позволяет полностью понять основные принципы. Методы, основанные на секвенировании (такие как Hi-C), не дают информации о пространственной локализации и структуре, тогда как методы, основанные на визуализации (такие как гибридизация флуоресценции ДНК in situ), не дает информацию о  последовательности нуклеотидов, заключенной в данном пространственном участке. Но, теперь,  ученый Dorothy Clyde описал новый метод секвенирование генома in situ (IGS) -  метод, который позволяет одновременно секвенировать геномы и отображать их в интактных образцах, включая ранние эмбрионы мыши.

   В своей статье «A new view of genome organization» Дороти Клайд рассказывает о технологии IGS, где каждое ядро ​​помечаются уникальными молекулярными идентификаторами (UMI) и амплифицируются в фиксированных, неповрежденных образцах для создания нецелевой библиотеки секвенирования in situ. Чтобы записать ядерную локализацию каждого ампликона, UMI секвенируют в фиксированном образце с использованием последовательных раундов секвенирования in situ путем лигирования (SBL) и флюоресцентной визуализации. Однако SBL не может генерировать считывания достаточной длины и качества для картирования генома; следовательно, ампликоны впоследствии диссоциируют для секвенирования парных концов ex situ с последующим выравниванием генома. Вычислительное сопоставление UMI позволяет назначать пространственные координаты (из чтения in situ) картированными геномными последовательностями.

Клёсова ЕЮ