Научно-исследовательская работа в университете органично вплетена в его основную деятельность и нацелена на подготовку медицинских, научных, педагогических кадров в соответствии с концепцией непрерывного медицинского образования, а также на проведение фундаментальных и прикладных научных исследований по основным теоретическим и клиническим медико-биологическим проблемам.

Исследовательская деятельность неразрывно связана с дипломным (через студенческое научное общество – СНО) и последипломным образованием, что позволяет полностью решать проблему конкурсного отбора научных кадров для высшей школы на этапе, предшествующем приему в аспирантуру и докторантуру.

Сегодня КГМУ располагает высококвалифицированными кадрами и обладает большим научно-педагогическим потенциалом. Университет имеет признанные в профессиональном сообществе научные школы, что гарантирует высокий уровень знаний и профессиональной медицинской подготовки. В реализацию этой задачи вовлечены все научно-педагогические работники КГМУ – около 600 высококвалифицированных преподавателей, 66 кафедр, НИИ экспериментальной медицины, НИИ общей патологии, НИИ физиологии, НИИ генетической и молекулярной эпидемиологии. Среди них заслуженные деятели науки Российской Федерации, заслуженные врачи РФ, заслуженные работники высшей школы, заслуженные учителя Российской Федерации, заслуженные работники здравоохранения Российской Федерации,  почетные работники высшего профессионального образования,  отличники здравоохранения, более 30 академиков и членов-корреспондентов различных академий. Ученым университета принадлежат семь научных открытий, ряд достижений в решения теоретических и практических проблем здравоохранения. КГМУ включен в национальный реестр «Ведущие научные организации России».

Высокий уровень научного потенциала университета подтверждается активным участием профессорско-преподавательского состава в выполнении работ в рамках  медицинских научно-исследовательских платформ,  международных, федеральных, отраслевых и региональных программ, инициативных научных изысканий, грантов различных отечественных и частных фондов; 83 договора с отечественными и зарубежными образовательными и научными организациями. Формой стимулирования научно-исследовательской деятельности стало размещение вузовского заказа на НИОКР.

В университете произошло увеличение реализуемых программ в аспирантуре, что свидетельствует о высоком потенциале научных школ вуза и о привлечении значительного количества молодых кадров. За период 2015 – 2017 гг. сотрудниками, аспирантами и прикрепленными лицами КГМУ защищено 7 докторских и 65 кандидатских диссертаций. В вузе функционируют 3 диссертационных совета, 2 из которых объединенные, по специальностям: кардиология (медицинские науки), хирургия (медицинские науки), генетика (медицинские науки), фармакология, клиническая фармакология (медицинские, биологические и фармацевтические науки).

Активно работает Центральный научный совет и экспертные советы хирургических, терапевтических, медико-биологических, фармацевтических, биотехнологических и гуманитарных специальностей. В состав ЦНС входят не только представители экспертных советов, но и заведующие лабораториями НИИ, представители малых инновационных предприятий.

Активное участие в подготовке научно-педагогических кадров и реализации научно-исследовательских программ различного уровня принимают НИИ экспериментальной медицины с  центром коллективного пользования; НИИ общей патологии, НИИ физиологии, НИИ генетической и молекулярной эпидемиологии на базе которых выполняется более 40 докторских и кандидатских диссертаций. Фундаментальные и прикладные научные исследования обеспечены работой экспериментально-биологической клиники (вивария), отвечающей современным требованиям. В КГМУ осуществляются системные действия по формированию эффективной инфраструктуры, направленной на реализацию инновационных научно-исследовательских проектов, на взаимодействие с бизнес-сообществом, ведущими российскими и зарубежными университетами и исследовательскими центрами. Все это позволяет выполнять результативные исследования и вести внедренческую работу по выбранным приоритетным направлениям развития науки и технологий.

Критериями результативности фундаментальных и поисковых исследований являются показатели публикационной, патентной активности и значимости публикаций. За 2017 г. сотрудниками университета издано 19 монографий, 3 учебника и руководства. При проведении научных исследований за 2017 г. получено около 30 патентов и других документов интеллектуальной собственности, из них 5 евразийских.

Университет располагает собственным издательством и оснащенной современным полиграфическим оборудованием типографией, что позволяет своевременно публиковать результаты научной работы и обеспечивать потребности учебного процесса. В КГМУ издается журнал «Курский научно-практический вестник «Человек и его здоровье»», включенный в список журналов, рекомендованных ВАК Минобрнауки России для публикации материалов докторских и кандидатских диссертаций, и входящий в систему Российского индекса научного цитирования (двухлетний импакт-фактор журнала в РИНЦ с учетом цитирования из всех источников составляет 1,0). В соответствии с решением ученого совета успешно издаются электронные журналы «Коллекция гуманитарных исследований» и «INNOVA».

Университет в целом и кафедры вуза являются инициаторами конференций по актуальным проблемам медицины, фармации, психологии, по реализации педагогических технологий в медицинском образовании. За последние годы на базе КГМУ организовано и проведено более 20 международных, более 40 всероссийских и более 170 межрегиональных и региональных конференций.

Студенческое научное общество – лучшее в стране! В студенческих научных кружках занимаются около 2000 студентов и около трети из них (640) ведут многолетние исследования. Студенческие научные работы получают поощрения, в том числе на международном и всероссийском уровнях.