Университет осуществляет сотрудничество со многими зарубежными университетами стран Азии, Африки и Европы. Научное сотрудничество осуществляется в рамках совместных научно-исследовательских программ.

Кафедры Курского государственного медицинского университета осуществляют сотрудничество в рамках заключенных международных научно-исследовательские программ:

• кафедра клинической фармакологии КГМУ с кафедрой общей и клинической фармакологии с курсом ФПК и ПК Витебского государственного ордена Дружбы народов медицинского университета (Беларусь);
• кафедра поликлинической терапии и общей врачебной практики КГМУ с кафедрой поликлинической терапии Витебского государственного медицинского университета (Беларусь);
• кафедра анестезиологии, реаниматологии и интенсивной терапии ФПО КГМУ с кафедрой анестезиологии реаниматологии с курсом ФПК и ПК Витебского государственного медицинского университета (Беларусь);
• кафедра неврологии и нейрохирургии КГМУ с кафедрой неврологии и нейрохирургии Витебского государственного медицинского университета (Беларусь);
• кафедра клинической фармакологии КГМУ с кафедрой фармакологии и клинической фармакологии Государственного Университета Медицины и Фармации им. Н. Тестемицану (Молдова);
• кафедра внутренних болезней №2 КГМУ с кафедрой Таджикского государственного медицинского университета имени Абуали ибни Сино (Авиценны) (Таджикистан);
• кафедра общественного здоровья и здравоохранения КГМУ с кафедрой общественного здоровья и здравоохранения Гомельского государственного медицинского университета (Беларусь);
• кафедра фармакологии КГМУ с кафедрой фармакологии и фармацевтической химии Приднестровского государственного университета им. Т.Г. Шевченко (Приднестровская Молдавская Республика);
• кафедра общей и клинической психологии КГМУ с Институтом повышения квалификации в области детской и подростковой психологии и консультирования родителей (Австрия);
• кафедра философии КГМУ с кафедрой архивоведения и вспомогательных исторических дисциплин Института истории Университета Марии Кюри-Склодовской в Люблине (Польша);
• кафедра неврологии и нейрохирургии КГМУ с кафедрой неврологии Ташкентского института усовершенствования врачей (Узбекистан);
• кафедра фармакологии КГМУ с кафедрой фармакологии и физиологии Ташкентского Педиатрического медицинского института (Узбекистан);
• кафедра нормальной физиологии КГМУ с кафедрой фармакологии и физиологии Ташкентского Педиатрического медицинского института (Узбекистан);
• кафедра общей гигиены КГМУ с кафедрой общественного здоровья и управления в системе здравоохранения Ташкентского педиатрического медицинского института (Узбекистан);
• кафедра управления и экономики фармации КГМУ с кафедрой фармацевтических дисциплин и химии Карагандинского государственного медицинского университета (Казахстан).