СОТРУДНИКИ

Бушуева Ольга Юрьевна - заведующий лабораторией: к.м.н., доцент

Быканова Марина Алексеевна - научный сотрудник, к.м.н.

Кобзева Ксения Андреевна – инженер-исследователь

НАПРАВЛЕНИЯ НАУЧНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ ЛАБОРАТОРИИ

Изучение генетических факторов, ассоциированных с развитием многофакторных болезней человека, преимущественно кардио- и цереброваскулярных, нейродегенеративных, онкологических; отбор генетических маркеров для генетико-ассоциативных исследований; «приоритезация» генов предрасположенности; функциональное аннотирование генетических вариантов; анализ межгенных и генно-средовых взаимодействий; биобанкирование (создание коллекции образцов биологического материала (ДНК, РНК) пациентов с различными мультифакториальными заболеваниями); разработка систем для генотипирования однонуклеотидных полиморфизмов в геноме человека с применением аллель-специфических флюоресцентных зондов.       

Лаборатория сфокусирована преимущественно на изучении генов, кодирующих недавно открытый класс шапероноподобных белков семейства «Hero», в аспекте связи с многофакторными болезнями человека, а также других шаперонов, в первую очередь кодирующих белки теплового шока. Также в лаборатории проводятся исследования генов, установленных GWAS, генов окислительного стресса и биотрансформации ксенобиотиков.

НАУЧНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ, ВЫПОЛНЯЮЩИЕСЯ В ЛАБОРАТОРИИ

Диссертационные исследования, выполняемые на базе лаборатории геномных исследований:

1. Исследование связи полиморфных вариантов генов ренин-ангиотензиновой системы с риском развития мозгового инсульта на фоне артериальной гипертензии». Исполнитель: Стецкая Татьяна Анатольевна. Научные руководители: д.м.н., профессор Ласков В.Б., к.м.н., доцент Бушуева О.Ю.  (защищена).
2. Роль полиморфных вариантов генов ферментов
   биотрансформации ксенобиотиков в развитии рака толстой кишки в популяции  Центральной России. Исполнитель: Москалев А.С. Научный руководитель – к.м.н., доцент Бушуева О.Ю. (защищена).
3. Исследование полиморфизма генов метаболизма глутатиона при миоме матки. Исполнитель: Кудрявцева О.К. Научный руководитель – к.м.н., доцент Бушуева О.Ю. (выполняется)
4. Анализ роли тромбовоспалительного синдрома в клиническом течении новой коронавирусной инфекции, вызванной SARS-CoV-2, и его связи с генетическими факторами риска. Исполнитель: Локтионов А.В. Научные руководители – д.м.н., Сергеева В.А., к.м.н., доцент Бушуева О.Ю. (выполняется)
5. Роль полиморфизма генов, кодирующих белки теплового шока, в развитии и клиническом течении новой коронавирусной инфекции COVID-19. Карпенко А. Р. Научные руководители – д.м.н., Сергеева В.А., к.м.н., доцент Бушуева О.Ю. (выполняется).

Лаборатория геномных исследований также участвует в выполнении диссертационных исследований, сфокусированных на изучении генетических аспектов атеросклероза нижних конечностей, псориаза, бронхиальной астмы у детей.

Гранты, полученные лабораторией геномных исследований.

 В настоящее время лабораторией выполняется грант конкурса 2022 года «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований отдельными научными группами». Тема: «Роль генов, кодирующих шапероны семейства Hero, в развитии и течении ишемического инсульта». Срок выполнения – 2022-2024 гг. В рамках проекта впервые в мире планируется проведение комплексного молекулярного анализа вовлеченности генов, кодирующих белки Hero (впервые открытыми в 2020 г.)  в формирование предрасположенности и течение ишемического инсульта (ИИ). Будет проведен комплексный анализ ассоциаций полиморфных вариантов генов Hero и других шаперонов с ИИ, оценен уровень их экспрессии, проведен анализ межгенных и генно-средовых взаимодествий, комплексный биоинформатический анализ генов Hero. На основании полученных результатов будут отобраны наиболее клинически значимые гены Hero и изучена их роль в физиологии и ишемической резистентности головного мозга на трансгенных животных моделях. Для этого планируется создать мышей с нокаутом одного из генов, кодирующего белок Hero. У данной линии будет проведен анализ транскриптома тканей головного мозга. Также трансгенные животные будут подвергнуты моделированию ишемического повреждения головного мозга с последующим комплексным изучением ишемической резистентности.

Технологии, применяемые в лаборатории геномных исследований: разработка протоколов генотипирования SNPs методом ПЦР в режиме «реального времени» с помощью TaqMan-зондов; мультиплексное генотипирование методом MALDI-TOF  масс-пектрометрии, таргетный анализ генной экспрессии; пиросеквенирование; биобанкирование.

ОСНОВНОЕ ОБОРУДОВАНИЕ ЛАБОРАТОРИИ ГЕНОМНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ И ЕГО ВОЗМОЖНОСТИ

1. Система экстракции РНК/ДНК Qiagen QIAcube HT (Qiagen, Германия). 
Система QIAcube HT стандартизирует и автоматизирует процессы выделения РНК и ДНК из тканей, культур клеток, крови и других материалов.  Прибор предназначен для автоматизированной высокопроизводительной экстракции нуклеиновых кислот из 24–96 образцов. Используя технологию кремниевых мембран и ряд наборов для очистки, QIAcube HT может извлекать ДНК, РНК и микроРНК из различных образцов. Оснащенный расширенными функциями безопасности, такими как полупрозрачный колпак, фильтр HEPA и ультрафиолетовый свет, он обеспечивает минимальный риск загрязнения.

Система экстракции РНК/ДНК Qiagen QIAcube HT (Qiagen, Германия)

2. Nanodrop 2000 (Thermo Fisher Scientific, США).

Спектрофотометр Nanodrop 2000 предоставляет быстрое и надежное количественное определение ДНК, РНК и белков. Спектрофотометр NanoDrop 2000 оснащен системой, в которой образцы пипеткой наносятся непосредственно на оптическую поверхность. Благодаря размеру пробы микрообъема (0,5–2,0 мкл) это устройство позволяет быстро проводить измерения менее чем за 5 секунд, не требуя разбавления, даже для концентрированных образцов. Спектрофотометр обеспечивает полный спектральный выходной сигнал в диапазоне 190–840 нм.

Nanodrop 2000 (Thermo Fisher Scientific, США)

3. Флуориметр Invitrogen™ Qubit™ 3 (Thermo Fisher Scientific, США). 

Флуориметр Qubit 3 играет ключевую роль в обеспечении качества образцов нуклеиновых кислот или белков, случаях, когда необходимо их ультраточное количественное определение. В системе Qubit используются флуоресцентные красители, которые излучают сигналы исключительно при присоединении к целевым молекулам, тем самым обеспечивая точность даже при наличии потенциальных загрязнений, таких как деградированная ДНК или РНК. Сочетание конструкции прибора и методов анализа обеспечивает чувствительность, превосходящую УФ-поглощение, что делает его особенно подходящим для ценных или чувствительных образцов. Ключевые особенности Qubit включают быстрый двухъядерный процессор, который измеряет ДНК, РНК и белок менее чем за 5 секунд, используя образцы объемом от 1 до 20 мкл.

Флуориметр Invitrogen™ Qubit™ 3 (Thermo Fisher Scientific, США)

4. Система детекции в реальном времени PCR Bio-Rad CFX96 (Bio-Rad Laboratories, Inc. США).

Лаборатория оснащена 3-мя приборами CFX96. Ампификатор CFX96 представляет собой прибор для генотипирования с помощью ПЦР-детектирования в реальном времени, позволяя одновременное исследование до 95 образцов для одиночных и мультиплексных реакций. Амплификатор поддерживает возможность мультиплексирования до 5 целей с минимальным использованием образца, функцию температурного градиента для оптимизации реакции и инструменты быстрого анализа данных. Система также обеспечивает гибкость работы в автономном режиме или в составе нескольких систем с компьютерным управлением.

Система детекции в реальном времени PCR Bio-Rad CFX96 (Bio-Rad Laboratories, Inc. США)

5. Система MassArray (Agena Bioscience, США).

Система MassARRAY от Agena Bioscience использует матричную масс-спектрометрию с лазерной десорбцией и ионизацией (MALDI-TOF) для генотипирования. Праймеры SNPs, созданные с использованием программного обеспечения Assay Design Suite, включаются в локус-специфическую реакцию ПЦР с последующей обработкой ферментом SAP для удаления остаточных dNTP и праймеров. Затем при удлинении одного основания используются модифицированные по массе терминаторы дидезоксинуклеотидов рядом с целевым полиморфным сайтом. Для обеспечения чистоты ампликоны подвергаются обессоливанию смолой SpectroCLEAN. Используя автоматическую рабочую станцию Nanodispenser, образцы помещаются в SpectroCHIP, кристаллизуются и ионизируются лазером. Эти ионизированные образцы ДНК проходят через времяпролетную трубу под действием электрического поля, а их генотипы определяются путем анализа времени пролета. Затем результаты генотипирования исследуются с использованием программного обеспечения TyperAnalyzer компании Agena Bioscience.

Система MassArray (Agena Bioscience, США)

6. Пиро-секвенирование PyroMark Q96 ID (Qiagen, Германия).

PyroMark Q96 ID — это система анализа секвенирования для исследования конкретных последовательностей ДНК в реальном времени, включая однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), мутации и закономерности метилирования. Эта система, способная обрабатывать 96 проб одновременно, использует простой протокол подготовки проб. Внутри светонепроницаемого корпуса расположена камера, которая фиксирует свет, образующийся в результате реакций в лунках. Кроме того, система оснащена встроенным компьютерным модулем с жестким диском и сетевыми возможностями.

PyroMark Q96 ID (Qiagen, Германия)

7. Qiagen Rotor-Gene Q (Qiagen, Германия).

Передовая система термоциклирования, разработанная для таких методик, как ПЦР в реальном времени, ПЦР по конечной точке и анализ расплава высокого разрешения (HRM). Специальная роторная система идеально подходит для анализа экспрессии генов, генотипирования и идентификации инфекционных агентов, обеспечивая оптимальные температурные условия и позволяя одновременно анализировать до 100 образцов. Ключевые особенности включают отображение данных в реальном времени, универсальные варианты ротора для 36 и 72 образцов, совместимость с несколькими типами пробирок для ПЦР, высокую скорость нагрева и охлаждения, широкий температурный режим работы от 35°C до 99°C, усовершенствованную светодиодную оптику возбуждения, и удобный интерфейс с оптимизированным программным обеспечением для комплектов QIAGEN.

Qiagen Rotor-Gene Q (Qiagen, Германия)

Также лаборатория оснащена низкотемпературными морозильными камерами (Thermo, Liebherr LGT), ламинарами, автоклавами (Sanyo), термостатами суховоздушными серии BD, боксами абактериальной воздушной среды, гель-документирующей системой (BioDoc-lt,), гомогенизатором (TissueRuptor, Qiagen), дистиллятором (GFL-2001/4), Криохранилище (Bio-Cane, Forma 902), cистемой полученияя сверхчистой воды воды Synergy, термоциклер ТП4-ПЦР-01-"Терцик", устройствами д/препаративного и аналитического электрофореза нуклеиновых кислот серии SE, центрифугами.

ОСНОВНЫЕ ДОСТИЖЕНИЯ ЛАБОРАТОРИИ

За последние 5 лет (2019-2023 гг.) сотрудниками лаборатории опубликовано более 50 работ, 28 из которых – в журналах, входящих в международные базы данных Wos/Scopus. Ежегодно в лаборатории разрабатывается порядка 30-40 методик генотипирования SNPs методом ПЦР в режиме «реального времени» с помощью TaqMan-зондов. На данный момент лабораторией разработано более 170 систем для генотипирования однонуклеотидных полиморфизмов с применением аллель-специфических флюоресцентных зондов в генах «окислительного стресса», генах, кодирующих ферменты биотрансформации ксенобиотиков, белки теплового шока, другие шапероны, гены «Hero», а также гены-кандидаты кардио- и цереброваскулярных заболеваний, онкологических заболеваний, грыж передней брюшной стенки, установленные GWAS. В лаборатории собрана коллекция более 3000 образцов ДНК пациентов с мозговым инсультом, ишемической болезнью сердца, заболеваниями аутистического спектра, миомой матки, колоректальным раком, пациентов с новой коронавирусной инфекцией, грыжами передней брюшной стенки, а также здоровых индивидуумов.

В лаборатории выполнена серия работ, направленных на изучение МФЗ: впервые в мире установлена патогенетическая роль генов Hero в риске развития ишемического инсульта (1, 2, 3); роль других белков теплового шока в развитии цереброваскулярной патологи (4); проанализирована роль генов семейства HSP70 в защите от нейродегенератиных заболеваний (5); генов-регуляторов гипоксии относительно развития миомы матки (6); впервые установлена роль эпигенетической вариабельности генов редокс-регуляции и биотрансформации ксенобиотиков в  механизмах формирования изолированных и коморбидных форма кардио- и цереброваскулярной патологии (7); впервые установлена роль метилирования генов редокс-регуляции в клетках периферической крови как маркеров острой фазы ишемического инсульта (8); установлена роль полиморфизма генов детоксикации (биотрансформации кснобиотиков) в формировании предрасположенности к развитию артериальной гипертензии (9), колоректальноого рака (10, 11); изучен нейропротективный потенциал агонистов  EPOR/CD131 при этанол-индуцированной нейродегенерации у крыс (12); установлена роль pHBSP в коррекции эндотелиальной дисфункции при преэклампсии (13).

ИЗБРАННЫЕ ПУБЛИКАЦИИ СОТРУДНИКОВ ЛАБОРАТОРИИ ЗА ПОСЛЕДНИЕ 5 ЛЕТ

1. Fedotova, M., Barysheva, E., Bushueva, O. Pathways of Hypoxia-Inducible Factor (HIF) in the Orchestration of Uterine Fibroids Development (2023) Life, 13 (8)
2. Kobzeva, K.A., Soldatova, M.O., Stetskaya, T.A., Soldatov, V.O., Deykin, A.V., Freidin, M.B., Bykanova, M.A., Churnosov, M.I., Polonikov, A.V., Bushueva, O.Y. Association between HSPA8 Gene Variants and Ischemic Stroke: A Pilot Study Providing Additional Evidence for the Role of Heat Shock Proteins in Disease Pathogenesis (2023) Genes, 14 (6)
3. Efanova, E., Bushueva, O., Saranyuk, R., Surovtseva, A., Churnosov, M., Solodilova, M., Polonikov, A. Polymorphisms of the GCLC Gene Are Novel Genetic Markers for Susceptibility to Psoriasis Associated with Alcohol Abuse and Cigarette Smoking (2023) Life, 13 (6)
4. Kononov, S., Azarova, I., Klyosova, E., Bykanova, M., Churnosov, M., Solodilova, M., Polonikov, A. Lipid-Associated GWAS Loci Predict Antiatherogenic Effects of Rosuvastatin in Patients with Coronary Artery Disease (2023) Genes, 14 (6).
5. Belykh, A.E., Soldatov, V.O., Stetskaya, T.A., Kobzeva, K.A., Soldatova, M.O., Polonikov, A.V., Deykin, A.V., Churnosov, M.I., Freidin, M.B., Bushueva, O.Y. Polymorphism of SERF2, the gene encoding a heat-resistant obscure (Hero) protein with chaperone activity, is a novel link in ischemic stroke (2023) IBRO Neuroscience Reports, 14, pp. 453-461.
6. Zhabin, S., Lazarenko, V., Azarova, I., Klyosova, E., Bykanova, M., Chernousova, S., Bashkatov, D., Gneeva, E., Polonikova, A., Churnosov, M., Solodilova, M., Polonikov, A. The Joint Link of the rs1051730 and rs1902341 Polymorphisms and Cigarette Smoking to Peripheral Artery Disease and Atherosclerotic Lesions of Different Arterial Beds (2023) Life, 13 (2).
7. Shilenok, I., Kobzeva, K., Stetskaya, T., Freidin, M., Soldatova, M., Deykin, A., Soldatov, V., Churnosov, M., Polonikov, A., Bushueva, O. SERPINE1 mRNA Binding Protein 1 Is Associated with Ischemic Stroke Risk: A Comprehensive Molecular–Genetic and Bioinformatics Analysis of SERBP1 SNPs (2023) International Journal of Molecular Sciences, 24 (10)
8. Soldatov, V.O., Pokrovsky, M.V., Puchenkova, O.A., Zhunusov, N.S., Krayushkina, A.M., Grechina, A.V., Soldatova, M.O., Lapin, K.N., Bushueva, O.Yu. EPOR/CD131-mediated attenuation of rotenone-induced retinal degeneration is associated with upregulation of autophagy genes [EPOR/CD131-опосредованная ретинопротекция при ротенон-индуцированной нейротоксичности связана с увеличением экспрессии генов аутофагии] (2022) Bulletin of Russian State Medical University, (4), pp. 44-50.
9. Bykanova, M.A., Solodilova, M.A., Azarova, I.E., Klyosova, E.Y., Bushueva, O.Y., Polonikova, A.A., Churnosov, M.I., Polonikov, A.V. Genetic variation at the catalytic subunit of glutamate cysteine ligase contributes to the susceptibility to sporadic colorectal cancer: a pilot study (2022) Molecular Biology Reports, 49 (7), pp. 6145-6154.
10. Kononov, S., Mal, G., Azarova, I., Klyosova, E., Bykanova, M., Churnosov, M., Polonikov, A. Pharmacogenetic loci for rosuvastatin are associated with intima-media thickness change and coronary artery disease risk (2022) Pharmacogenomics, 23 (1), pp. 15-34.
11. Polonikov, A., Bocharova, I., Azarova, I., Klyosova, E., Bykanova, M., Bushueva, O., Polonikova, A., Churnosov, M., Solodilova, M. The Impact of Genetic Polymorphisms in Glutamate-Cysteine Ligase, a Key Enzyme of Glutathione Biosynthesis, on Ischemic Stroke Risk and Brain Infarct Size (2022) Life, 12 (4).
12. Lazarenko, V., Churilin, M., Azarova, I., Klyosova, E., Bykanova, M., Ob’edkova, N., Churnosov, M., Bushueva, O., Mal, G., Povetkin, S., Kononov, S., Luneva, Y., Zhabin, S., Polonikova, A., Gavrilenko, A., Saraev, I., Solodilova, M., Polonikov, A. Comprehensive Statistical and Bioinformatics Analysis in the Deciphering of Putative Mechanisms by Which Lipid-Associated GWAS Loci Contribute to Coronary Artery Disease (2022) Biomedicines, 10 (2).
13. Kobzeva, K.A., Shilenok, I.V., Belykh, A.E., Gurtovoy, D.E., Bobyleva, L.A., Krapiva, A.B., Stetskaya, T.A., Bykanova, M.A., Mezhenskaya, A.A., Lysikova, E.A., Freidin, M.B., Bushueva, O.Y. C9orf16 (BBLN) gene, encoding a member of Hero proteins, is a novel marker in ischemic stroke risk (2022) Research Results in Biomedicine, 8 (3), pp. 278-292.
14. Puchenkova, O.A., Soldatov, V.O., Belykh, A.E., Bushueva, O., Piavchenko, G.A., Venediktov, A.A., Shakhpazyan, N.K., Deykin, A.V., Korokin, M.V., Pokrovskiy, M.V. Cytokines in Abdominal Aortic Aneurysm: Master Regulators With Clinical Application (2022) Biomarker Insights, 17.
15. Bushueva, O., Barysheva, E., Markov, A., Belykh, A., Koroleva, I., Churkin, E., Polonikov, A., Ivanov, V., Nazarenko, M. DNA Hypomethylation of the MPO Gene in Peripheral Blood Leukocytes Is Associated with Cerebral Stroke in the Acute Phase (2021) Journal of Molecular Neuroscience, 71 (9), pp. 1914-1932.
16. Pokrovskii, M.V., Soldatov, V.O., Zatolokina, M.A., Korokin, M.V., Kubekina, M.V., Puchenkova, O.A., Povetka, E.E., Miller, E.S., Zhuchenko, M.A., Bushueva, O.Yu. Relation of EPOR/CD131-mediated neuroprotection with modulated gene expression of autophagy, apoptosis, neuroinflammation and neural regeneration in rats under chronic ethanol exposure conditions (2021) Eksperimental'naya i Klinicheskaya Farmakologiya, 84 (2), pp. 91-98.
17. Korokin, M., Gureev, V., Gudyrev, O., Golubev, I., Korokina, L., Peresypkina, A., Pokrovskaia, T., Lazareva, G., Soldatov, V., Zatolokina, M., Pobeda, A., Avdeeva, E., Beskhmelnitsyna, E., Denisyuk, T., Avdeeva, N., Bushueva, O., Pokrovskii, M. Erythropoietin mimetic peptide (pHBSP) corrects endothelial dysfunction in a rat model of preeclampsia (2020) International Journal of Molecular Sciences, 21 (18), pp. 1-20.
18. Churilin, M.I., Kononov, S.I., Luneva, Y.V., Kazanov, V.A., Azarova, I.E., Klyosova, E.Y., Bykanova, M.A., Paschoalini, G., Kharchenko, A.V., Zhabin, S.N., Bushueva, O.Y., Povetkin, S.V., Mal, G.S., Kovalev, A.P., Solodilova, M.A., Polonikov, A.V. Erratum to: Polymorphisms of Intracellular Cholesterol Transporters Genes: Relationship to Blood Lipid Levels, Carotid Intima-Media Thickness, and the Development of Coronary Heart Disease (2020) Russian Journal of Genetics, 56 (7), p. 889.
19. Bushueva, O.Y., Polonikov, A.V., Ivanov, S.V., Ivanov, I.S., Klesova, E.Y., Tsukanov, A.V. Variant rs2009262 EFEMP1 Is Associated with the Development of Umbilical Hernia but Not with Postoperative Hernia in Russians (2020) Russian Journal of Genetics, 56 (6), pp. 734-738.
20. Solodilova, M.A., Medvedeva, M.V., Bykanova, M.A., Vasilyeva, O.V., Ivanov, V.P. Polymorphism of the VEGFA gene, smoking and coronary heart disease: The significance of gene-environmental interactions for disease susceptibility (2020) Research Results in Biomedicine, 6 (3), pp. 350-366.
21. Churilin, M.I., Kononov, S.I., Luneva, Y.V., Kazanov, V.A., Azarova, I.E., Klyosova, E.Y., Bykanova, M.A., Paschoalini, G., Kharchenko, A.V., Zhabin, S.N., Bushueva, O.Y., Povetkin, S.V., Mal, G.S., Kovalev, A.P., Solodilova, M.A., Polonikov, A.V. Polymorphisms of Intracellular Cholesterol Transporters Genes: Relationship to Blood Lipid Levels, Carotid Intima-Media Thickness, and the Development of Coronary Heart Disease (2020) Russian Journal of Genetics, 56 (2), pp. 234-241
22. Ivanov, S.V., Lazarenko, V.A., Ivanov, I.S., Ivanov, A.V., Bushueva, O.Yu., Zhabin, S.N., Ivanova, I.A., Ponomareva, I.V., Tsukanov, A.V. Non-invasive determination of glycation-end-products as a diagnostic method for predicting the occurrence of the anterior abdominal wall hernias (2020) Profilakticheskaya Meditsina, 23 (6), pp. 151-155.
23. Bushueva, O.Yu. Single nucleotide polymorphisms in genes encoding xenobiotic metabolizing enzymes are associated with predisposition to arterial hypertension (2020) Research Results in Biomedicine, 6 (4), pp. 447-456.
24. Bushueva, O.Yu. Genetic variants rs1049255 CYBA and rs2333227 MPO are associated with susceptibility to coronary artery disease in russian residents of central Russia [Генетические варианты rs1049255 CYBA и rs2333227 MPO ассоциированы с предрасположенностью к ишемической болезни сердца у русских жителей Центральной России] (2020) Kardiologiya, 60 (10), pp. 47-54.
25. Churilin, M.I., Kononov, S.I., Luneva, Y.V., Azarova, Y.E., Klyosova, E.Y., Harchenko, A.V., Zhabin, S.N., Bushueva, O.Y., Povetkin, S.V., Mal, G.S., Solodilova, M.A., Polonikov, A.V., Kazanov, V.A. Apolipoprotein E gene polymorphisms: A relationship with the risk of coronary artery disease and the effectiveness of lipid-lowering therapy with rosuvastatin (2020) Cardiovascular Therapy and Prevention (Russian Federation), 19 (1), pp. 17-23.
26. Moskalev, A.S., Barysheva, E.M., Soldatov, V.O., Frolova, O.G., Bobyntseva, O.V., Samgina, T.A., Churnosov, M.I., Ivanov, V.P., Polonikov, A.V., Bushueva, O.Y.  Association of C3435T (rs1045642) Polymorphism of the MDR1 Gene with the Increased Risk of Colorectal Cancer in Russian Females from Central Russia (2019) Russian Journal of Genetics, 55 (12), pp. 1514-1519.
27. Polonikov, A.V., Ponomarenko, I.V., Bykanova, M.A., Sirotina, S.S., Bocharova, A.V., Vagaytseva, K.V., Stepanov, V.A., Azarova, I.E., Churnosov, M.I., Solodilova, M.A. A comprehensive study revealed SNP–SNP interactions and a sex-dependent relationship between polymorphisms of the CYP2J2 gene and hypertension risk (2019) Hypertension Research, 42 (2), pp. 257-272.
28. Polonikov, A., Rymarova, L., Klyosova, E., Volkova, A., Azarova, I., Bushueva, O., Bykanova, M., Bocharova, I., Zhabin, S., Churnosov, M., Laskov, V., Solodilova, M. Matrix metalloproteinases as target genes for gene regulatory networks driving molecular and cellular pathways related to a multistep pathogenesis of cerebrovascular disease (2019) Journal of Cellular Biochemistry, 120 (10), pp. 16467-16482.

Патенты на изобретения

1. Способ генотипирования полиморфного локуса rs12561767 (G>A) гена SERBP1 у человека методом ПЦР в режиме «реального времени» с применением аллель-специфических флуоресцентных зондов (2023 г.).
2. Способ генотипирования полиморфного локуса rs12566098 (C>G) гена SERBP1 у человека методом ПЦР в режиме «реального времени» с применением аллель-специфических флуоресцентных зондов (2023 г.).

Сотрудничество с российскими и зарубежными организациями.

1. НИИ медицинской генетики Томского НИМЦ, г. Томск. Лаборатория популяционной генетики (зав. лабораторией, д.м.н. Назаренко М.С.)  - в области изучения генетических аспектов кардио- и цереброваскулярной патологии, таргетного анализа метилирования ДНК).
2. Белгородский национальный исследовательский университет, г. Белгород Объединенный центр генетических технологий (директор – к.м.н. Дейкин А.В.) - в области геномного редактирования.  

СТУДЕНЧЕСКАЯ НАУКА В ЛАБОРАТОРИИ ГЕНОМНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ.

Лаборатория геномных исследований уделяет значительное количество времени студенческой науке и предоставляет возможность студентам участвовать в исследовательских проектах, в т.ч. в грантах РНФ. В лаборатории студенты могут получить навыки экстракции ДНК/РНК, генотипирования методом ПЦР в режиме «реального времени», биоинформатического анализа (работы с геномными базами данных, функционального аннотирования генетических вариантов), навыки работы с зарубежной литературой, написания публикаций.

За последние 5 лет к выполнению работ в лаборатории геномных исследований были привлечены 11 студентов КГМУ: Кобзева К.А. (студентка биотехнологического факультета, с 2023 г. – инженер-исследователь лаборатории), Солдатова М.О. (студентка лечебного факультета), Гуртовой Д.Е. (студент 6 курса лечебного факультета), Пономарева Л.А. (студентка лечебного факультета), Бобылева Л.А. (студентка педиатрического факультета), Зайцев С.М. (студент лечебного факультета), Горяйнова А.С (студент лечебного факультета), Крапива А.Б. (студента лечебного факультета), Суровцева А.В. (студентка биотехнологического факультета), Федотова М, (студентка лечебного факультета).

Все студенты КГМУ, участвовавшие в научных исследованиях, стали соавторами публикаций в журналах ВАК/Scopus. За последние 5 лет сотрудниками лаборатории геномных исследований было опубликовано 6 высокорейтинговых статей с участием студентов, в написание которых и в выполнение экспериментальной части 3 из которых студенты внесли основной вклад.

Статьи WoS/Scopus с участием студентов (за 2019-2023 гг.):

1. Fedotova M, Barysheva E, Bushueva O. Pathways of Hypoxia-Inducible Factor (HIF) in the Orchestration of Uterine Fibroids Development. Life (Basel). 2023 Aug 13;13(8):1740. (Wos/Scopus; Импакт-фактор=3,2; Q2).
2. Kobzeva KA, Soldatova MO, Stetskaya TA, Soldatov VO, Deykin AV, Freidin MB, Bykanova MA, Churnosov MI, Polonikov AV, Bushueva OY. Association between HSPA8 Gene Variants and Ischemic Stroke: A Pilot Study Providing Additional Evidence for the Role of Heat Shock Proteins in Disease Pathogenesis. Genes (Basel). 2023 May 27;14(6):1171. (Wos/Scopus; Импакт-фактор=3,5; Q2).
3. Kobzeva, K. A., Shilenok, I. V., Belykh, A. E., Gurtovoy, D. E., Bobyleva, L. A., Krapiva, A. B., ... & Bushueva, O. Y. (2022). C9orf16 (BBLN) gene, encoding a member of Hero proteins, is a novel marker in ischemic stroke risk. Res. Results Biomed, 8, 278-292. (Scopus; Q4).
4.  Efanova E, Bushueva O, Saranyuk R, Surovtseva A, Churnosov M, Solodilova M, Polonikov A. Polymorphisms of the GCLC Gene Are Novel Genetic Markers for Susceptibility to Psoriasis Associated with Alcohol Abuse and Cigarette Smoking. Life (Basel). 2023 Jun 2;13(6):1316.
5. Belykh AE, Soldatov VO, Stetskaya TA, Kobzeva KA, Soldatova MO, Polonikov AV, Deykin AV, Churnosov MI, Freidin MB, Bushueva OY. Polymorphism of SERF2, the gene encoding a heat-resistant obscure (Hero) protein with chaperone activity, is a novel link in ischemic stroke. IBRO Neurosci Rep. 2023 May 10;14:453-461. doi: 10.1016/j.ibneur.2023.05.004. PMID: 37252629; PMCID: PMC10209486.
6. Shilenok I, Kobzeva K, Stetskaya T, Freidin M, Soldatova M, Deykin A, Soldatov V, Churnosov M, Polonikov A, Bushueva O. SERPINE1 mRNA Binding Protein 1 Is Associated with Ischemic Stroke Risk: A Comprehensive Molecular-Genetic and Bioinformatics Analysis of SERBP1 SNPs. Int J Mol Sci. 2023 May 13;24(10):8716. doi: 10.3390/ijms24108716. PMID: 37240062; PMCID: PMC10217814.

Статьи ВАК  с участием студентов (за 2019-2023 гг.):

1. Бушуева, О. Ю., Кудрявцева, О. К., Барышева, Е. М., Зайцев, С. М., Иванова, О. Ю., Полоников, А. В., & Иванов, В. П. (2021). Ген глутатионредуктазы GSR как возможный ген-кандидат предрасположенности к миоме матки. Медицинская генетика, 20(3), 41-46.
2. Бушуева, О. Ю., Барышева, Е. М., Марков, А. В., Королёва, Ю. А., Чуркин, Е. О., Назаренко, М. С., ... & Иванов, В. П. (2020). Молекулярные и эпигенетические механизмы вовлеченности генов редокс-гомеостаза в формирование различных сердечно-сосудистых заболеваний. Медицинская генетика, 19(5), 66-68.
3. Барышева, Е. М., Зайцев, С. М., Горяинова, Н. В., Пономарева, Л. А., Полшведкина, О. Б., Иванова, О. Ю., & Бушуева, О. Ю. (2020). Фактор, индуцируемый гипоксией: анализ полиморфизма генов HIF1A и HIF1B и их функциональная роль в развитии миомы матки. Медицинская генетика, 19(6), 49-51.
4. Полшведкина, О. Б., Вдовина, И. Н., Зайцев, С. М., Клиновская, А. А., Пономарева, Л. А., Иванова, Н. В., ... & Бушуева, О. Ю. (2020). Анализ ассоциации однонуклеотидных полиморфизмов генов сигнального каскада арил-гидрокарбонового рецептора с предрасположенностью к миоме матки. Медицинская генетика, 19(6), 55-57.
5. Москалев, А. С., Подольский, Ф. В., Зайцев, С. М., Новикова, Е. А., Полоников, А. В., Станоевич, У. С., & Бушуева, О. Ю. (2020). Полиморфизм генов цитохрома P450 CYP1A1, CYP1A2, CYP1B1 и риск колоректального рака в популяции Центральной России. Медицинская генетика, 19(6), 60-61.
6. Москалев, А. С., Барышева, Е. М., Солдатов, В. О., Фролова, О. Г., Бобынцева, О. В., Самгина, Т. А., ... & Бушуева, О. Ю. (2019). Ассоциация полиморфного варианта C3435T (rs1045642) гена MDR1 с повышенным риском развития колоректального рака у русских женщин Центральной России. Генетика, 55(12), 1417-1423.